Vor der Stammzellspende durchläuft der Spender immer ein ausführliches Aufklärungsgespräch und eine gründliche medizinische Untersuchung. Erst wenn alle Untersuchungsergebnisse in Ordnung sind, darf er Stammzellen spenden. Je nach Methode gibt es unterschiedliche Risiken:

Bei der peripheren Blutstammzellspende wird der Spender erst mit einem Wachstumsfaktor behandelt, damit die Stammzellen ins Blut übergehen. Als Nebenwirkung dieser Behandlung können grippeähnliche Symptome auftreten. Sie lassen sich mit Schmerzmitteln behandeln und klingen unmittelbar nach der Behandlung wieder ab. Langzeiteffekte sind seit dem Beginn des Einsatzes im Jahr 1989 bisher nicht bekannt geworden.

Bei der Knochenmarkspende wird dem Spender Knochenmark mit einer langen Nadel aus dem Beckenknochen entnommen. An der Einstichstelle können sich daher Blutergüsse bilden und einige Tage schmerzen. Da die Entnahme unter Vollnarkose geschieht, besteht das gleiche Risiko durch die Narkose wie bei anderen Operationen. Das Knochenmark selbst wird schon nach kurzer Zeit vom Körper nachgebildet.

In seltenen Fällen können bei beiden Entnahmemethoden beim Spender allergische Reaktionen auftreten.