Im ZKRD werden von den Spendern lediglich die für eine Suche relevanten Daten, wie etwa die HLA-Merkmale, Alter, Geschlecht und die ihn betreuende Datei unter einer Nummer gespeichert. Die personenbezogenen Daten verbleiben – unter Berücksichtigung des Datenschutzes – bei den einzelnen Spenderdateien.